Plateforme de facturation électronique à choisir au plus tard le 01/09/26

Tous les médecins libéraux ont l’obligation de se rattacher à une plateforme de facturation électronique à compter du 01/09/2026, à l’exception de trois catégories spécifiques non concernées : - sous conditions très précises les médecins déclarant leurs revenus professionnels libéraux en régime simplifié Micro-BNC et dont l’activité est exclusivement de soins hors assujettissement à la TVA ; - sous conditions également très précises les médecins de SEL pour leur rémunération de fonction techniques déclarée en régime Micro-BNC ; et tous les   médecins uniquement collaborateurs occasionnels du service public = COSP. 

Ne sous- estimez pas l’obligation dans le temps - S’agissant d’une réforme transformant en profondeur les pratiques de gestion, de facturation et de suivi des dépenses déductibles (ainsi que des recettes pour les émetteurs de factures), peut-être vous dites-vous que les premiers vrais contrôles n’arriveront sur le terrain que dans quelques mois, voire années, le temps que tout le système se mette en place. Nous ne partageons cet avis car la réforme de la facturation électronique, et son dispositif de CTC (Continus Transaction Controls) agissant comme un contrôle fiscal en temps réel automatisé et algorithmique, provoque une transformation radicale de la relation du contribuable à l’administration. Il s’agit d’un vrai renouveau du  contrôle fiscal. 

Même si les professions indépendantes ne sont pas les premières visées par la lutte contre la fraude à la TVA, il ne vous aura pas échappé qu’au moment où disparaît le bras armé du fisc qu’étaient les AGA et CGA (aujourd’hui totalement disparus), les PA (plateformes agréées par l’administration fiscale) arrivent sur le devant de la scène. Et celles-ci ne sont plus des humains, mais des algorithmes. Le « dialogue » fiscal avec le contribuable va passer d’un contrôle a posteriori à des demandes à charges précises et ciblées. Enfin, n’oubliez pas que l’administration (avec les données des PA bien historisées) aura tout le temps de revenir vers vous de manière rétroactive (minimum trois ans, voire bien davantage sur les biens facturés mis en amortissement). Enfin, l’arsenal des sanctions, des pénalités et des remises en cause du caractère déductible d’une dépense professionnelle (par ailleurs parfaitement justifiée) en cas de défaut de recours à une PA est ... redoutable. A prendre très au sérieux donc.

Prenez garde à la franchise en base de TVA - Ce n’est pas parce que vos factures actuelles bénéficient de la franchise en base de TVA (= situation d’être assujetti à la TVA mais de ne pas avoir à la payer, sous conditions drastiques) que vous n’êtes pas directement concerné par les contraintes de la réforme en matière d’émission de vos factures.

Collaboration libérale et TVA – Nous constations depuis plus de vingt ans ( !) que nombre de cabinets comptables sont gravement déficients en matière de conseils aux médecins titulaires sur l’obligation d’émission de factures de redevance lors des collaborations libérales. La réforme de la facturation électronique ne laisse plus aucun doute sur cette obligation absolue et sur les nouvelles contraintes qu’elle engendre.